Датою його заснування вважається 23 березня 1982 р., коли було сформовано комісію для організації створення музею, яку очолив доцент І. В. Войчишин. З цього часу розпочалася робота зі збору матеріалів, спогадів колишніх студентів, працівників, відомих особистостей, причетних до відкриття навчального закладу на теренах Тернопільської області.
30 листопада 1987 р. відбулося урочисте відкриття музею історії інституту та народного господарства краю, експозиція якого розмістилася у колишньому кабінеті ректора О. А. Устенка на другому поверсі навчального корпусу № 3.
Упродовж 1982–1999 рр. музеєм завідувала старший викладач Теофілія Теофілівна Вількова, а з 1 вересня 1999 р. велику допомогу надавала старший викладач Віра Богданівна Обухівська.
У 2004 р. проведено реорганізацію експозиції, в якій зібрано й виставлено понад 1000експонатів, що ознайомлювали відвідувачів з історією створення університету, а також із розвитком виробництва, станом промисловості Тернопілля, становленням місцевих кооперативних господарств, фабрик, банків тощо.
У травня 2005 р. відкрито новий розділ експозиції: участь студентів і трудового колективу ТАНГу у революційних подіях 2004 р. У вересні 2006 р. проведено реекспозицію, після чого музей представлений трьома художньо оформленими експозиційними відділами, що хронологічно поділені на 15 розділів.
27 липня 2006 р. музею історії Тернопільського державного економічного університету присвоєно звання «народний».
У 2008 р. музей стає окремим структурним підрозділом, а в листопаді цього ж року його перейменовують у Музей історії Тернопільського національного економічного університету. З вересня 2008 р. музей очолює директор Віталій Михайлиця.
У серпні 2015 р. у корпусі №1 відкрито повністю оновлений музей, обладнаний сучасними стендами та виставковими конструкціями. Тут представлені матеріали, ілюстровані великою кількістю світлин, підкріплені речовими пам’ятками та документами. Зокрема, висвітлено основні етапи становлення зво: від відділення до університету, а також досягнення у різних сферах діяльності навчального закладу за його понад 50-літню історію.
Значну увагу приділяється збору експонатів, присвячених подіям Революції Гідності та війни на сході України та участі в них студентів та випускників ЗУНУ.
Щорічно з експозицією музею, а водночас з історією нашого закладу ознайомлюються сотні студентів І курсу, учнів шкіл міста та області, учасників ювілейних зустрічей випускників університету, а також почесні гостей і представників іноземних делегацій.